En el término de Rute se han localizado útiles paleolíticos. La Cueva Negra, en la Sierra de la localidad, fue ocupada durante el Neolítico. La romanización se centró en las villas, destacando la localización romana de Cisimbrium en el emplazamiento de la pedanía de Zambra.

El origen certero de Rute se remonta a tiempos árabes. Rute entra en la Historia en plena Edad Media, seguramente en los años que precedieron a la creación de Reino Nazarita de Granada. Las primeras noticias sobre Rute vienen por las guerras de Reconquista de los cristianos. Debemos citar el carácter militar y limítrofe que la villa tuvo durante toda la Reconquista. Tras varios vaivenes en los que Rute pasa alternativamente de manos musulmanas a cristianas y viceversa, la población fue definitivamente conquistada en 1435 por Ramiro Yañez de Barrionuevo, durante el reinado de Juan II. En esta época se abandonaría el asentamiento original de Rute Viejo para trasladarse la población a su lugar actual. En 1466 Enrique IV retira la titularidad de estas tierras a los Yáñez de Barrionuevo para cedérsela a los Fernández de Córdoba. La villa de Rute fue heredada por don Juan Fernández de Córdoba, hijo de don Diego. Este primer “Abad de Rute” acrecentó y fomentó la población.

Además de este don Juan, quizá el abad más famoso fue don Francisco Fernández de Córdoba, (1565 – 1626) “Abad de Rute” por antonomasia, célebre escritor, canónigo y archivero de la catedral de Córdoba.

El enclave se forjó como un núcleo rural de actividades agrícolas y ganaderas cuyos beneficios engrosaban las rentas de los Fernández de Córdoba. Rute irá ampliando su población y su economía, y ello aún teniendo en cuenta esa presión señorial señalada. Ya en 1795, por Breve de Pío VI, se aprobó la secularización de la Abadía y en su lugar se erigió un Caballerato. El cambio más radical a nivel institucional o jurídico vendrá con el fin del Antiguo Régimen.

Pasadas la Guerra de la Independencia y la famosa desamortización de Mendizábal, Rute viviría después, y sin grandes avatares, la proclamación de la Primera República. El orden socioeconómico no cambió, y Rute continuó fraguando su tradicional dedicación agropecuaria abriendo paso a una incipiente industrialización basada en lo textil, los alambiques de aguardientes y la salazón de jamones. En cuanto a la agricultura, no dejarán de repoblarse de olivar tanto los antiguos viñedos como las dehesas de encinares, convertidas en tierras de labor, aumentando la producción de aceite y los puestos de trabajo en este sector.

En el siglo XX Rute consolida su posición como uno de los pueblos principales de la región. Reinará en las primeras décadas una coyuntura apacible debida a la bonanza económica. Si bien el campesinado continuará empobrecido, se forma una burguesía local adinerada y comienza a aumentar aun más la ya consolidada industria del anís (existían más de medio centenar de alambiques de aguardiente entre principios y mediados de siglo).

ras los “felices años 20” donde la oligarquía local se consolida amparada por el olivar y los anisados, la semilla socialista fue germinando (paro, huelgas…) y floreció con el desarrollo de la Guerra Civil. A pesar de algunas detenciones y cierto revuelo, Rute fue tomado por los derechistas la misma noche del 18 de julio de 1936.

Es ya a finales de los 50 cuando un nuevo repunte económico da impulso al desarrollo del pueblo. Las mejoras en el aspecto de la villa serán notables en cuanto a pavimentación y alumbrado público, así como primeras viviendas sociales. No hay que olvidar que entre los 50-60 Rute sufre una masiva emigración de sus habitantes a destinos con más posibilidades. Fueron años en los que la población se vio bastante diezmada. Igualmente las tierras de Rute quedaron afectadas por la construcción del Embalse de Iznájar (inaugurado en junio de 1969).

La llegada de la Democracia inicia una nueva etapa en la que la localidad supera baches anteriores, apoyada como siempre en la bendita agricultura y sin perder de vista su vinculación con el anís, si bien este sector tendrá que esperar a los 90 para que el municipio revitalice su producción uniéndola a lo turístico. También se potenciarán a partir de los 80 los obradores de pastelería (existentes y afamados desde antaño) y la industria del mantecado. En la actualidad, el turismo agroalimentario, los museos y la campaña de Navidad, así como la omnipresente agricultura de olivar, centran la actividad de sus habitantes. Rute, el “pueblo del Anís”, es una localidad en expansión con un rico pasado y un prometedor presente.